این رهنمودها که دارای حجم زیاد، همراه با هشدارها و بینش‏آفرینی‌های مکرر می‏باشد، به سابقة توطئه‌ها و ترفندهای قدرت‌های استعماری و عوامل پیدا و پنهان آنان در داخل ایران، برای ایجاد تفرقه و دشمنی بین مراکز حوزوی و دانشگاهی اشاره دارد و از سویی دیگر به صیانت و پاسداری از اتحاد و اقتدار ایجاد شده بین حوزه و دانشگاه در طول مراحل نهضت اسلامی، تصریح می‏نماید. همچنین بخشی از این رهنمودهای آگاهی‏بخش، به جایگاه عناصر اندیشمند این دو مرکز و نقش حیاتی و محوری آنها در ایجاد بسترهای مناسب برای رشد و پیشرفت و تحقق استقلال همه جانبه کشور، اشاره می‏کند.
امام خمینی تصریح کرده که عناصر حوزوی و دانشگاهی، هر دو از منورالفکرها هستند6 و تبلیغات استعمار خارجی و عوامل داخلی آنان که با حربه‌هایی چون «فناتیک» (متعصب) دانستن روحانیون و «بی دین» نامیدن دانشگاهیان، سعی در ایجاد دافعه و گریز در میان این دو قشر داشتند، باید طرد و نفی گردد.7
امام خمینی، عالمان حوزه‌ها و دانشجویان دانشگاه‌ها را مغز متفکر جامعه می‏نامد8 و به صراحت اعلام می‏کند که «نه دانشگاهی بدون روحانی می‏تواند به استقلال برسد و نه روحانی بدون دانشگاهی»9 و به این ترتیب، اهمیت وحدت و همگرایی و همفکری حوزویان و دانشگاهیان و آثار ارزشمند آن را گوشزد کرده است.
امام خمینی می‏فرمود:
«باید توجه داشته باشید! باید دانشگاه‌ها و مدارس و همه جا توجه داشته باشند! دانشگاه، پیوند خودش را با فیضیه، محکم کند و فیضیه، محکم کند پیوستگی خودش را به دانشگاه. شما دو قشری هستید که اگر اصلاح بشوید، اصلاح می‌شود ملت‏ها و اگر خدای نخواسته، شما اصلاح نشوید یا منزوی بشوید، مملکتتان و کسانی که می‌توانند در مملکت کاری بکنند، منزوی خواهند شد و قدرت‏هایی که منافع خودشان را از دست داده‏اند، به میدان می‌آیند و یک حکومت وجیه‏المله می‌آورند روی کار و آن حکومت وجیه‏المله، تمام چیزهای ما را به باد فنا خواهد داد»!10

وصیت¬نامة الهی و سیاسی
امام خمینی در وصیت‏نامه الهی و سیاسی خود چنین نوشت:
«توصیه این جانب، آن است که نسل حاضر و آینده، غفلت نکنند و دانشگاهیان و جوانان برومند عزیز، هر چه بیشتر با روحانیان و طلاب علوم اسلامی، پیوند دوستی و تفاهم را محکم‏تر و استوارتر سازند و از نقشه‌ها و توطئه‌های دشمن غدار، غافل نباشند و به مجرد این که فرد یا افرادی را دیدند که با گفتار و رفتار خود، در صدد است بذر نفاق بین آنان افکند، او را ارشاد و نصیحت نمایند و اگر تأثیر نکرد، از او روگردان شوند و او را به انزوا کشانند و نگذارند توطئه، ریشه دواند که سرچشمه را به آسانی می‏توان گرفت».

وحدت حوزه و دانشگاه

امام خمینی ره همواره از وحدت حوزه و دانشگاه و اتحاد و یکرنگی میان این دو قشر تحصیلکرده یاد می کرد، و نسبت به توطئه ها هشدار می داد؛ ایشان می فرمود: «طلاب علوم دینی و دانشجویان با هم روابط دوستانه و فعالانه داشته باشند و بر اساس به دست آمدن استقلال و آزادی و خلع ید غاصبان از حقوق ملت در تمام ابعادش، به سایر طبقات ملت بپیوندند...»(صحیفه امام، ج3، ص486).

امرور اندیشه های حضرت امام(س) نشان می دهد که ایشان در میان اقشار مختلف اجتماعی برای دانشجویان جایگاه ممتازی قائل است و همواره تأکید داشتند که با قشر ممتاز دیگر یعنی حوزویان در ارتباط باشند تا بتوانند در تحولات، نقش محوری ایفا نمایند.

امام معتقدبودتوطئه ای درکار بوده وهست تا روحانی ودانشجورابه جان هم بیندازند وبااستفاده ازاختلاف آنان به کشور آسیب برسانند.ایشان معتقدبودندکه دشمنان دراین نقشه تاحدودی موفق شده بودند.ایشان دراین رابطه می فرمایند:یک جایی نقشه شان گرفت وآن جداکردن روحانیت ازدانشگاه بود.یک روحانی حق نداشت پیش خودمان حق نداشت که ازدانشگاهی صحبتی کند...دانشگاهی هم آخوندبه نظرش می آمد که موجود مضری است که انگلیس ها آوردند گذاشتند اینجا.(صحیفه امام.ج6ص44-45)ازاین روامام به دانشجویان توصیه می کرد درکنار سایر اقشاراجتماعی وبه ویژه روحانیون قرارگیرند.زیراائتلاف این دوقشر راائتلاف همه ملت می دانستند.